Waterstaatskerk is de benaming voor Nederlandse kerkgebouwen die tussen 1824 en 1875 onder toezicht (en soms ook naar ontwerp) van ingenieurs van Rijkswaterstaat werden gebouwd, veelal met financiële steun van de landelijke overheid. Men stuit regelmatig op het misverstand dat dit gebeurde in opdracht van 'de minister van Waterstaat', maar pas in 1877 werd een afzonderlijk ministerie van Waterstaat opgericht; waterstaat viel tot dan toe onder het Ministerie van Binnenlandse Zaken. Eindverantwoordelijke in Den Haag waren twee in 1815 opgerichte ministeries voor Eredienst, het Ministerie van Zaken van de Hervormde en andere Erediensten, behalve die der Rooms-Katholieke en het Ministerie van Zaken der Rooms-Katholieke Eredienst. In tegenstelling tot wat vaak wordt gedacht is het begrip Waterstaatskerk niet verbonden aan een bepaalde bouwstijl.