Endopeptydazy – enzymy hydrolityczne z grupy proteaz, katalizujące hydrolizę wiązania peptydowego wewnątrz łańcucha polipeptydowego (w odróżnieniu od egzopeptydaz, które hydrolizują skrajne wiązania peptydowe, odcinając od łańcucha pojedyncze aminokwasy). Endopeptydazy rozkładają cząsteczkę białka (polipeptydu) na małe fragmenty peptydowe. Do endopeptydaz należą enzymy trawienne, np. pepsyna, trypsyna, chymotrypsyna.