Grzyby mikroskopijne (łac. Micromycetes) – grzyby o niewielkich rozmiarach, przeciwieństwo grzybów wielkoowocnikowych (Macromycetes)[1]. Są to niezbyt precyzyjne pojęcia, używane jednak w mykologii przy tworzeniu różnego rodzaju zestawień gatunków i w innych opracowaniach. Do grzybów mikroskopijnych zalicza się gatunki o rozmiarach od mikroskopijnych (widocznych tylko pod mikroskopem) do bardzo małych, o rozmiarach do kilku milimetrów[2]. Niektóre gatunki są zarówno grzybami makroskopijnymi, jak i mikroskopijnymi. Na przykład grzyby z rodzaju Ophiocordyceps tworzą mikroskopijnej wielkości owocniki, ale zanurzone w podkładkach o makroskopijnej wielkości[3]. Do grzybów mikroskopijnych należą drożdże, grzyby drożdżopodobne i grzyby strzępkowe, a wśród tych ostatnich także grzyby owocnikowe[4].
Grzyby mikroskopijne obejmują bardzo liczne jednostki taksonomiczne, są też bardzo zróżnicowane pod względem biologicznym i ekologicznym. Należą do nich zarówno saprotrofy rozwijające się na obumarłych organizmach, jak i pasożyty roślin, zwierząt i innych grzybów, a także nadpasożyty. Liczba gatunków grzybów mikroskopijnych na świecie jest bardzo duża i wciąż opisywane są kolejne taksony. Liczba występujących w Polsce gatunków grzybów mikroskopijnych znana jest tylko w przybliżeniu. W 2008 r. trzej autorzy stworzyli pierwsze zbiorcze zestawienie takich grzybów. Liczy ono około 6 tysięcy gatunków, autorzy zastrzegają jednak, że jest to tylko wstępna i niekompletna lista, o czym świadczy już sam tytuł opracowania Wstępna lista grzybów mikroskopijnych Polski[1]. Ponadto część gatunków grzybów mikroskopijnych znajduje się w dwóch innych zestawieniach grzybów Polski: W. Fałtynowicza Porosty i grzyby naporostowe Polski[5] i opracowaniu Lichenicolous Fungi of Poland a cataloque and key to species[6].
Mimo niewielkich rozmiarów grzyby mikroskopijne mają bardzo duże znaczenie w medycynie, rolnictwie i leśnictwie. U ludzi i zwierząt wywołują choroby zwane grzybicami, w rolnictwie i leśnictwie są źródłem dużych strat, wywołują bowiem groźne i często trudne do zwalczenia choroby grzybowe[7].
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie mikro
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie senn
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie bpn
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie fr
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie fal
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie nap
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie bla