Mikrobiom, mikrobiota – ogół mikroorganizmów występujących w danym siedlisku. Obejmuje bakterie, grzyby, archeony czy wirusy (wirom )[1]. Termin mikrobiom zaproponował Joshua Lederberg na przełomie XX i XXI w., nawiązując zwłaszcza do słów genom i proteom[2]. Ponieważ większość organizmów mikrobioty (zwłaszcza bakterie, grzyby mikroskopijne i niektóre protisty) niegdyś zaliczano do roślin, termin ten jest bliskoznaczny z terminem mikroflora. Z kolei w przypadku mikrobioty glebowej odnosi się w znacznej mierze do mikrofauny[3]. W odróżnieniu od pojęcia mikroflory fizjologicznej, obejmuje on wszystkie mikroorganizmy, nie wyłączając chorobotwórczych[2]. W pewnych ujęciach przyjmuje się rozróżnienie pojęć mikrobiota i mikrobiom, ten pierwszy termin stosując do zespołu organizmów, a drugi do zespołu ich genomów[4][5].
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie led
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie pwn
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie sci06