Mikrofotografia – rodzaj fotografii wykonany przy użyciu aparatu fotograficznego połączonego z mikroskopem. Obiekt fotografowany zostaje powiększony za pomocą samego mikroskopu albo obiektywu mikroskopowego zamocowanego przy pomocy nasadki na teleobiektywie.
Mikrofotografowanie jest metodą wykonywania zdjęć obiektów niewidocznych gołym okiem.