Pierwsze muzeum w Polsce zostało założone z inicjatywy Izabeli Czartoryskiej w 1801 w Świątyni Sybilli w Puławach i gromadziło pamiątki narodowe. Po upadku powstania listopadowego puławskie zbiory Czartoryskich zostały ewakuowane do Paryża, gdzie znalazły schronienie w hôtelu Lambert i powróciły do kraju w 1876 do Muzeum Książąt Czartoryskich w Krakowie. W 1805 prywatne zbiory sztuki i starożytności gromadzone w pałacu w Wilanowie udostępnił społeczeństwu Stanisław Kostka Potocki, dając w ten sposób początek najstarszemu istniejącemu polskiemu muzeum. W 1823 we Lwowie założono Muzeum Książąt Lubomirskich, w 1855 Eustachy Tyszkiewicz utworzył Muzeum Starożytności w Wilnie, a Włodzimierz Dzieduszycki w latach 1855–1880 Muzeum Przyrodnicze we Lwowie.
Tradycje gromadzenia zbiorów są dużo starsze i sięgają końca XVI wieku, kiedy tworzono tzw. gabinety osobliwości. Jeden z nich, tzw. Musaeum, otwarto w 1594 w Toruniu przy bibliotece Gimnazjum Akademickiego w Toruniu[1].
W Polsce w 2016 działało 519 muzeów o statucie lub regulaminie uzgodnionym z Ministrem Kultury i Dziedzictwa Narodowego[2]. Wykaz tych muzeów prowadzony jest przez Narodowy Instytut Muzealnictwa i Ochrony Zbiorów.
Najważniejsze polskie muzea wpisane są do Państwowego Rejestru Muzeów. Są to muzea rejestrowane. O rejestrację mogą ubiegać się jedynie muzea gromadzące zbiory o wyjątkowym znaczeniu dla kultury narodowej, zatrudniające wykwalifikowanych pracowników naukowych, posiadające odpowiednią infrastrukturę oraz stałe źródło finansowania.
Osobny artykuł:Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego prowadzi działalność muzeów ministerialnych, np. Narodowe Muzeum Morskie w Gdańsku, Muzeum Narodowe w Krakowie, Muzeum Sztuki Nowoczesnej w Warszawie. Muzea ministerialne finansowane są w całości z budżetu państwa. Razem z organami samorządu terytorialnego lub organizacjami pozarządowymi ministerstwo współprowadzi i współfinansuje działalność innych muzeów, np. Muzeum Narodowe w Lublinie, Muzeum Narodowe we Wrocławiu, Muzeum Historii Żydów Polskich w Warszawie.
Ministerstwo sprawuje także bezpośredni nadzór nad muzeami okręgowymi, które z kolei sprawują nadzór nad merytoryczną działalnością pozostałych muzeów samorządowych i społecznych działających na terenie okręgu: w województwie, np. Muzeum Śląska Opolskiego w Opolu lub w regionie, np. Muzeum Okręgowe Ziemi Kaliskiej w Kaliszu. Muzea okręgowe prowadzone są i finansowane przez samorząd województwa.
Obok muzeów finansowanych z budżetu państwa lub województwa istnieją także:
Korzystają one niekiedy z subwencji ministerialnych lub wojewódzkich, ale główny ciężar utrzymania placówek spoczywa na jednostkach prowadzących.