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HomoloGene, uma ferramenta do Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia dos Estados Unidos (NCBI), é um sistema para detecção automatizada de homólogos (similaridade atribuível à descendência de um ancestral comum) entre os genes anotados de vários genomas eucarióticos completamente sequenciados.[1]
O processamento do HomoloGene consiste na análise de proteínas dos organismos de entrada. As sequências são comparadas usando o blastp (programas que pesquisam bancos de dados de proteínas usando uma consulta de proteína.),[2] então combinadas e colocadas em grupos, usando uma árvore taxonômica construída a partir da similaridade da seqüência, onde organismos mais próximos são combinados primeiro, e então outros organismos são adicionados à árvore. Os alinhamentos de proteínas são mapeados de volta para suas seqüências de DNA correspondentes e, em seguida, métricas de distância como distâncias moleculares de Jukes e Cantor (1969), a relação Ka/Ks pode ser calculada.[3][4][5]
- ↑ HomoloGene
- ↑ Standard Protein BLAST
- ↑ Gu X, Li WH (setembro de 1992). «Higher rates of amino acid substitution in rodents than in humans». Mol. Phylogenet. Evol. 1 (3): 211–4. PMID 1342937. doi:10.1016/1055-7903(92)90017-B
- ↑ Li WH, Ellsworth DL, Krushkal J, Chang BH, Hewett-Emmett D (fevereiro de 1996). «Rates of nucleotide substitution in primates and rodents and the generation-time effect hypothesis». Mol. Phylogenet. Evol. 5 (1): 182–7. PMID 8673286. doi:10.1006/mpev.1996.0012
- ↑ Kishino H, Thorne JL, Bruno WJ (março de 2001). «Performance of a divergence time estimation method under a probabilistic model of rate evolution». Mol. Biol. Evol. 18 (3): 352–61. PMID 11230536. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a003811