Homologia (do grego ομοως, "igualmente" e λοlÄγος, "ciência", "razão")[1] é o estudo biológico das semelhanças entre estruturas de diferentes organismos que possuem a mesma origem ontogenética e filogenética. Tais estruturas podem ou não ter a mesma função.
A homologia tem sido uma forte evidência em favor da Teoria da Evolução, pois ela sugere ancestralidade comum entre organismos diferentes possuindo estruturas frequentemente semelhantes com a mesma origem embriológica, lembrando que o desenvolvimento do embrião recapitula parcialmente as origens do organismo, como por exemplo, as nadadeiras ventrais dos peixes e os membros dos mamíferos.
A homologia pode ser dividida em três grupos: ortologia, quando as seqüências têm um único e mesmo ancestral comum; paralogia, quando se originam de uma duplicação gênica; e xenologia, quando se originam por incursão lateral (ou horizontal).[2]