A Igreja da Madre de Deus constitui, juntamente com o Colégio de São Paulo, as famosas Ruínas de São Paulo em Macau. Estas ruínas, entre as quais se salientam a imponente fachada e a escadaria de granito da igreja destruída, são os vestígios sobreviventes da igreja e do colégio, ambos construídos pelos jesuítas na segunda metade do século XVI e destruídos em 1835 por um violento incêndio.
Devido à sua beleza e valor arquitectónico e histórico excepcionais, as Ruínas de São Paulo, principalmente a fachada, foram incluídas no Centro Histórico de Macau, por sua vez incluído na Lista do Património Mundial da Humanidade da UNESCO. Da Igreja, restou uma imponente fachada de granito e uma escadaria monumental de 68 degraus, mas, em contrapartida, não restaram muitas coisas do Colégio.
Segundo o "Atlas mundial de la arquitectura barroca" (uma publicação da UNESCO em 2001), a fachada da Igreja da Madre de Deus, juntamente com a Igreja de S. José, é um exemplo único da arquitectura barroca na China. Foi classificada, em 2009, como uma das Sete Maravilhas de Origem Portuguesa no Mundo.