Microbiota intestinal, também conhecida como flora intestinal, consiste em um complexo de espécies de microrganismos que vivem no trato digestivo dos animais e é o maior reservatório de microrganismos. O principal benefício para o hospedeiro é a recuperação de energia a partir da fermentação de carboidratos não digeridos e a subsequente absorção de ácidos graxos de cadeia curta. Os mais importantes destes ácidos graxos são butiratos, metabolizados pelo epitélio do cólon; propionatos pelo fígado; e acetatos do tecido muscular. As bactérias intestinais, também desempenham um papel na síntese de vitamina B e da vitamina K, bem como ácidos biliares, que metabolizam esteróis e xenobióticos.[1]
O corpo humano transporta cerca de 390 trilhões de microrganismos nos seus intestinos (3,9 x 1013)[2], 1,3 vezes maior do que o número total de células humanas no corpo (3,7 x 1013)[2]. Contrariando o mito de que nosso corpo humano possui 10 vezes mais bactérias que células humanas [3][4][5][6][7]. As atividades metabólicas desempenhadas por estas bactérias se assemelham aos de um órgão, levando alguns a comparar bactérias do intestino a um órgão "esquecido".[8] Estima-se que esta microbiota intestinal tem cerca de cem vezes mais genes, no total, dos que existem no genoma humano.[9]
Bactérias compõem a maior parte da microbiota do cólon e até 60% da massa seca de fezes.[10] Cerca de 300[4] a 1000 espécies diferentes vivem no intestino,[5] com a maioria das estimativas em cerca de 500.[6][8][11] No entanto, é provável que 99% das bactérias pertençam a cerca de 30 ou 40 espécies.[12] Os fungos, protozoários, virus comensais[13][14] que auxiliam a imunidade [15] e archaea também compõem uma parte da microbiota intestinal. Diversos estudos tem sido publicados recentemente descobrindo suas funções e beneficios.
A investigação sugere que a relação entre a microbiota do intestino e os seres humanos não é apenas comensal (uma coexistência não nociva), mas sim uma relação mutualística.[5] Embora as pessoas possam sobreviver sem a microbiota intestinal,[6] os microrganismos realizam uma série de funções úteis, como fermentação de substratos de energia não utilizadas, treinando o sistema imunológico, impedindo o crescimento de bactérias patogênicas,[4] prejudiciais, regulando o desenvolvimento do intestino, produzindo vitaminas para o hospedeiro, tais como a biotina[16] e vitamina K,[17] produzir hormônios para dirigir o hospedeiro para armazenar gorduras, entre outros[18]. No entanto, em certas condições, acredita-se que algumas espécies sejam capazes de causar doenças por infecção ou aumentar o risco de câncer para o hospedeiro.[4]
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