Medicinska hemija ili farmaceutska hemija je disciplina na raskršću hemije, farmakologije, i biologije koja obuhvata dizajn, sintezu i razvoj farmaceutiskih lekova. Medicinska hemija se bavi identifikacijom, sintezom i razvojem novih hemijskih entiteta podesnih za terapeutsku upotrebu. Ona takođe obuhvata izučavanje postojećih lekova, njihovih bioloških osovina, i njihovih kvantitativnih odnosa strukture i aktivnosti (QSAR).[1][2]
Jedinjenja koja se koriste kao lekovi su prvenstveno organska jedinjenja, koja mogu da budu mali organski molekuli i biopolimeri. Međutim, i za neorganska jedinjenja i jedinjenja koja sadrže metale je nađeno da mogu da budu korisni lekovi. Na primer, cisplatin serija kompleksa koji sadrže platinu se koristi u tretmanu raka, i litijum bazirani medikamenti imaju dugu tradiciju u lečenju niza mentalnih oboljenja.
Medicinska hemija je visoko interdisciplinarna nauka koja kombinuje organsku hemiju sa biohemijom, računarskom hemijom, farmakologijom, farmakognozijom, molekularnom biologijom, statistikom, i fizičkom hemijom.