Organogeneza je proces obrazovanja organa u ontogenetskom razviću jedinke. Pre gastrulacije, nijedan deo embriona se ne može smatrati posebnim organom. Kod kičmenjaka, početne promene oblika, koje označavaju početak organogeneze, odigravaju se pri obrazovanju centralnog nervnog sistema. Ne samo da se kod kičmenjaka ovaj organski sistem razvija prvi, već je njegova pojava od ogromnog značaja za dalje razviće drugih organa. Celokupna simetrija odrasle jedinke je organizovana oko CNS-a, koji se razvija duž ose simetrije. Kod beskičmenjaka, najčešće se prvo obrazuje crevo i od njega zavisi raspored drugih organa.