Proteinski domen je deo proteinske sekvence i strukture koji može da evoluira, funkcioniše, i postoji nezavisno od ostatka proteinskog lanca. Svaki domen formira kompaktnu tri-dimenzionalnu strukturu i često može da bude samostalno stabilan i sklopljen. Mnogi proteini se sastoje od nekoliko strukturnih domena. Jedan domen se može javiti u nizu različitih proteina. Molekulska evolucija koristi domene kao strukturne komponente koje mogu da se kombinuju u različitim aranžmanima da bi se formirali proteini sa različitim funkcijama. Domeni variraju u dužini od oko 25 aminokiselina do 500 aminokiselina. Najkraći domeni kao što su cinkovi prsti su stabilizovani metalnim jonima ili disulfidnim mostovima. Domeni često formiraju funkcionalne jedinice, kao što je kalcijum-vezujući EF-ruka domen kalmodulina. Pošto su oni samostalno stabilni, domeni mogu da se zamene putem genetičkog inženjerstva između proteina, čime se formiraju himerni proteini.