Herbarij (iz latinščine herba = rastlina) je sistematično urejena zbirka posušenih rastlin oziroma rastlinskih delov. Običajno je posušen rastlinski material shranjen v papirnatih polah, obstajajo pa tudi herbariji, pri katerih so rastline konzervirane v tekočinah, na primer v etanolu. Izraz herbarij se uporablja tudi v mikologiji za zbirke gliv.
Najstarejši znani herbarij na Slovenskem je iz leta 1696; uredil ga je zdravnik Janez Krstnik Flysser iz Ljutomera.