Omständigheterna kring dessa krig är mycket komplicerade eftersom det bakom konfrontationen mellan religioner utspelade sig ett politiskt ställningskrig: Storbritannien intervenerade på protestanternas sida och Spanien på katolikernas; den inflytelserika ätten Guise ställde sig under parollen "un roi, une foi, une loi" ("en kung, en tro, en lag") i spetsen för den katolska heliga ligan mot husen Condé och Coligny under ledning av Henrik av Navarra på den protestantiska sidan. Mellan dessa två läger fanns de som försökte upprätthålla statens kontinuitet under konflikten samt införa religionsfrihet, till exempel Katarina av Medici, mor till Karl IX och Henrik III, och hennes kanslerMichel de l'Hospital.
1567–1568: Protestanter tar till vapen för att förmå kungen att samla generalständerna. Ett misslyckat försök att kidnappa kungen i överraskningen i Meaux 1567 åtföljs av en massaker på katolska präster vilket utlöser ett nytt inbördeskrig. Kriget, med en avgörande sammandrabbning i slaget vid Saint-Denis 10 november 1567, slutar i freden i Longjumeau 23 mars 1568.
1574–1576: Inbördeskrig utbryter en femte gång då de protestantiska ledarna Henrik I av Condé och Henrik av Navarra lyckas fly från sina övervakade bostäder där vistats sedan Bartolomeimassakern. Efter slaget vid Dormans 10 oktober 1575 avslutas kriget ännu en gång med ediktet i Beaulieu 6 maj 1576 som tillerkänner protestanterna större rättigheter.
1576–1577: Den katolska heliga ligan startar ett nytt krig som utmynnar i freden i Bergerac 17 september 1577 och ediktet i Poitiers 8 oktober 1577 som på nytt inskränker protestanternas rättigheter.
1585–1598: Konflikten mellan katoliker och protestanter utökas av allianser utanför landets gränser. Protestanterna stöder sina trosfränder i Nederländerna som revolterar mot Spanien och katolikerna finner stöd hos Filip II av Spanien. Slaget vid Coutras 20 oktober 1587 åtföljs av Journée des Barricades 12 maj 1588 då kungen Henrik III, som innerligt hatas av katolikerna, tvingas fly Paris. Samma år försöker han göra slut på ligan genom att låta mörda deras ledare, hertigen av Guise och hans bror kardinalen av Lorraine, i Blois. Henrik blir själv mördad följande år av en fanatisk munk som därmed gör Henrik av Navarra, protestanternas ledare, till ny fransk kung. Som Henrik IV tvingas han återta sitt kungadöme från den katolska ligan som vägrar erkänna honom (slaget vid d'Arques 21 september 1589; slaget vid Ivry 14 mars 1590). Då han konverterar till katolicismen 1593 öppnas Paris portar och han lyckas samla många trogna kring kronan. Ett krig mot Filip II 1595–1598 slutar med freden i Vervins och att Filip II av Spanien tvingas lämna Frankrike. Henrik gör slutligen slut på de religiösa krigen med ediktet i Nantes 1598.
^Allan A. Tulchin: The Michelade in Nimes, 1567. French Historical Studies, Vol. 29, No. 1 (Winter, 2006): 1-35.