Japan är indelat i 47 administrativa områden, prefekturer: storstadsområdet (都, to) Tokyo, distriktet (道, dō) Hokkaido, de två stadsprefekturerna (府, fu) Osaka och Kyoto samt 43 vanliga prefekturer (県, ken). På japanska kallas prefekturerna med ett samlingsnamn todōfuken (都道府県).
Det nuvarande systemet skapades av Meiji-regeringen 1871 som det tidigare han-systemets ersättare. Från början fanns över 300 prefekturer, men dessa reducerades till 47 år 1888. Lagen om lokal autonomi från 1947 gav större politisk makt till prefekturerna och öppnade för lokalt valda guvernörer.
Med den nuvarande lagen om autonomi är varje prefektur uppdelad i städer (市, shi), köpingar (町, machi eller chō), byar (村, mura eller son) samt i Tokyo stadsdelskommuner (特別区, tokubetsu-ku). Dessa kallas gemensamt shichōson (市町村) eller shikuchōson (市区町村). I tabellen nedan står de under rubriken kommuner.
Vid sidan av de vanliga shichōson-kommunerna finns också distrikt (郡, gun) och subprefekturer (支庁, shichō) som i sin tur delas i mindre kommuner enligt ovan. Subprefekturer förekommer främst i Hokkaido prefektur, men även i vissa andra fall.