Kommissionen Prodi är den EU-kommission som var i tjänst från den 16 september 1999 till den 21 november 2004. Kommissionen trädde i tjänst 16 september 1999 under Romano Prodis ordförandeskap och tog över efter interimskommissionen Marín. Det var ursprungligen tänkt att kommissionen Prodi skulle ersättas av kommissionen Barroso den 31 oktober 2004 men eftersom Europaparlamentet först inte godkände Barrosos förslag till ny kommission så skedde detta först den 21 november 2004.
Det var under denna kommission som EU:s hittills största utvidgning skedde, när unionen 1 maj 2004 fick tio nya medlemsstater. Samtidigt som utvidgningen tillkom det tio nya kommissionärer, en från varje ny medlemsstat. Under kommissionens tid infördes bland annat euron som valuta i tolv länder och både Nicefördraget och Europeiska konstitutionen utarbetades.