PubMed är en sökbar databas som vid årsskiftet till 2017 omfattade över 26 miljoner framför allt medicinrelaterade referenser[1] hämtade i underdatabaser (subsections). Medline är den största underdatabasen med mer än 24 miljoner referenser[2]. Andra databaser som material hämtas från är PubMed Central samt från tidskrifter som ännu inte är accepterade för indexering i Medline.
Vissa allmänvetenskapliga tidskrifter som Science och Nature, som har stor allmän vetenskaplig betydelse är sökbara även om artiklarna inte gäller ämnesområdet medicin. I PubMed finns också många äldre artiklar som inte återfinns i Medline, exempelvis referenser till mer än 40 000 artiklar från 1800-talet[3].