Su ekosistemi, karasal ekosistemlerin aksine, bir su kütlesinin çevrelenmesiyle oluşan bir ekosistemdir. Su ekosistemleri, birbirlerine ve çevrelerine bağımlı olan organizma topluluklarını içerir. İki ana su ekosistemi türü, tuzlu su ekosistemleri ve tatlı su ekosistemleridir.