Metapopulaatio on useiden paikallisten saman lajin populaatioiden muodostama kokonaisuus. Metapopulaatioita esiintyy sekä luonnollisesti, että ihmisen toiminnan seurauksena pirstoutuneissa elinympäristöissä. Pirstoutumisella tarkoitetaan yhtenäisemmän elinympäristön muuttumista useiksi pienemmiksi ja eristyneemmiksi elinympäristölaikuiksi; tällöin myös lajin populaatio jakaantuu useiksi paikallispopulaatioiksi. Nykyään metapopulaation käsitettä käytetään myös tarkasteltaessa lajin populaatiorakennetta laajemmalla alueella, jolla paikallispopulaatiot ovat erillisiä, vaikka lajin elinympäristö ei muodostuisikaan selkeästi laikuista.[1]
Metapopulaatiossa paikallispopulaatiot ovat yhteydessä toisiinsa migraation kautta. Migraation lisäksi keskeisimpiä metapopulaatiossa toimivia prosesseja ovat paikallispopulaation häviäminen eli paikallinen sukupuutto ja tyhjien elinympäristölaikkujen asuttaminen eli kolonisaatio.[2] Mitä pienempi ja eristyneempi paikallispopulaatio on, sitä suuremmalla todennäköisyydellä se kuolee sukupuuttoon.[3] Metapopulaation säilyminen kokonaisuudessaan on riippuvainen paikallispopulaatioiden häviämisnopeuden ja uusien populaatioiden syntymisnopeuden suhteesta. Mikäli populaatioiden yksilöt kolonisoivat likimain saman määrän elinympäristölaikkuja kuin mitä paikallisen sukupuuton takia jää tyhjäksi, metapopulaatio säilyy vakaana.
Metapopulaatiomallien perusolettamus on, että elinympäristön pirstoutuneisuus vaikuttaa lajin dynamiikkaan sekä sen säilymiseen maisematasolla.[1] Koska elinympäristöjen häviäminen ja pirstoutuminen on suurin syy lajien uhanalaistumiseen, sukupuuttoihin ja tätä kautta luonnon monimuotoisuuden vähenemiseen, on pirstoutumisen seurausten tunteminen tärkeää. Metapopulaatioteorialla ja -malleilla onkin sovelluksia luonnonsuojelubiologiassa ja maankäytön suunnittelussa.